El molí de la Clapera recull l’aigua que baixa del Torrent de Pibernat, després que l’aigua hagi estat utilitzada com a força motriu pel molí del Perer i pel molí de Can Perxanes.
L’aigua arriba a una bassa allargada d’oest a est, de més de 50 metres de llargada i acabada en forma apuntada. Les parets de la bassa són fetes de terra, però a uns 15 metres del molí les parets estan fetes amb carreus de pedra treballats. La forma original del cup no es conserva, però sembla que tenia una forma d’embut i que utilitzava la força generada per l’aigua de la pròpia bassa per sortir a pressió.
L’edifici actual ha estat modificat com a habitatge, però sembla que l’estructura original tenia una forma quadrangular i com a mínim dos pisos. A la sala de moles hi trobem conservades el parell de moles i també l’obridor que permet controlar quan es deixa entrar aigua al carcabà i, per tant, controla el funcionament del molí.
Destaca que s’hagi conservat l’estructura del canal que connecta la bassa o el cup amb el carcabà i expulsa l’aigua a pressió cap al rodet, fent-lo girar. Del carcabà, on és molt complicat accedir-hi, l’aigua en surt per un canal de desguàs arquitravat d’uns 14 metres, i va a un rec que, més tard, es retroba amb la riera de Pibernat, dins del poble dels Hostalets. El canal de desguàs queda tapat i cobert per un pont que es construí el 1943 per creuar el rec. A l’exterior de l’edifici s’hi conserva una mola de petites dimensions, destinada a un molí elèctric, característic de la postguerra franquista.
El molí de la Clapera és un exemple de molí que pertany a una casa que li dona nom. El molí i la casa es troben a prop, però en edificis separats i independents. En una llinda s’hi observa una inscripció que diu «clapera 1821» i que podria indicar l’any de construcció del molí. També trobem una altra llinda a la façana amb la inscripció «…coll i / clapera / 1822», que correspondria a una ampliació del molí. A El Nomenclátor que comprende las poblaciones, grupos, edificios, viviendas, albergues, etc., de las cuarenta y nueve provincias de España, volum II (dedicat a laprovíncia de Girona), editat a Madrid el 1864, hi surt esmentat el molí de la Clapera.
Als anys setanta, Joan Soy i Paquita Pujol compren el molí que, tot i contenir tots els elements característics d’un molí, ja no funciona i des de llavors únicament s’utilitza com a habitatge. Tot i així, disposaven d’un molí elèctric de petites dimensions per moldre blat i blat de moro.
L’estructura del molí es conserva parcialment ja que, tot i conservar la sala de moles (malgrat haver perdut molts elements, com la farinera o la tremuja) i el carcabà, la bassa fou tapada (una part amb terra i la part pròxima a la casa amb formigó). L’edifici es conserva en bon estat, tot i que s’observen les diferents modificacions que ha patit al llarg dels anys.
